El Museo Etnográfico es una institución dedicada a la investigación, difusión y conservación del patrimonio histórico y antropológico, desde la perspectiva de los procesos sociales y el respeto por la pluralidad cultural. Posee vastas colecciones de arqueología, etnografía y antropología biológica. Aunque se ha interesado principalmente en las poblaciones aborígenes del actual territorio argentino y de otras áreas del continente americano, ha valorado también objetos procedentes de diversas partes del mundo.

El acervo arqueológico proviene en su mayoría del noroeste argentino y la Patagonia y en gran medida fue reunido por las investigaciones sistemáticas organizadas y financiadas por el propio museo desde su fundación. Pero incluye un fondo antropológico más amplio, representativo de lo que a principios del siglo XX se denominaba el "mundo primitivo": alfarerías y tejidos de los Andes, vasos de la Grecia clásica, ofrendas funerarias centroamericanas y hasta cerámica prehistórica del actual Japón.

El área de antropología biológica dispone de unas 10.000 piezas óseas de individuos de diferentes poblaciones y algunos cuerpos momificados.

Las colecciones etnográficas corresponden principalmente a la cultura material de los grupos étnicos que han poblado lo que hoy es el territorio de la Argentina. También abarcan bienes de otras sociedades: arte plumario del Chaco, cerámica de los indios pueblo, tallas africanas y de la isla de Pascua, piezas de Oceanía, objetos de culto de diversas religiones.

El Etnográfico cuenta con una biblioteca especializada en temas de antropología y un archivo fotográfico y documental.

En la actualidad es la sede de varios grupos de investigación de la Facultad, del Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas y de otras instituciones.