En Maze Runner: La Cura Mortal los motivos de CRUEL se han vuelto más evidentes: la Dra. Ava Paige, directora ejecutiva de la organización, está cerca de lo que cree es una cura para la enfermedad conocida como ‘Llamarada’, una infección que ha diezmado a la población mundial. Pero la cura se consigue al sacrificar las pocas personas jóvenes que quedan en el mundo, que, en apariencia, son inmunes. Para poder liberar a aquellos que han sido reunidos como material de prueba, incluyendo su amigo Minho, Thomas ahora deberá aliarse con compañeros sobrevivientes, viejos y nuevos, y llevar la guerra a la que podría ser la última ciudad que queda y el bastión final de CRUEL. Deberá introducirse en las oficinas centrales de CRUEL e intentar derrocar a la organización desde su interior.