En el Reino Champiñón, Mario y Luigi, los valientes y habilidosos fontaneros, se encuentran disfrutando de una pacífica jornada cuando, de repente, reciben un mensaje urgente de la Princesa Peach. Un nuevo villano ha emergido en el Reino: Huggy Wuggy, un ser extraño y aterrador que ha comenzado a aterrorizar a los habitantes con su magia oscura.
Mario y Luigi, sin dudarlo, se ponen sus icónicas gorras y se lanzan a la aventura para salvar una vez más al Reino Champiñón. Con sus habilidades y valentía, los hermanos se adentran en los diferentes mundos que componen el Reino, enfrentándose a los desafiantes obstáculos que Huggy Wuggy ha colocado para detenerlos.